Ef: A Fairy Tale of the Two bao gồm hai phần. Phần một với tựa đề Ef: The First Tale và bao gồm câu chuyện xoay quanh các nhân vật Hirono Hiro, Miyamura Miyako, Tsutsumi Kyōsuke, Shindo Kei, và Amamiya Yuko. Trò chơi bao gồm một phần mở đầu và hai chương chính, tập trung xoay quanh nhân vật Miyuko ở chương đầu tiên và Kei ở chương thứ hai. Mạch truyện tiếp diễn với phần thứ hai Ef: The Latter Tale, với câu chuyện xoay quanh các nhân vật Aso Renji, Shindo Chihiro, Kuze Shuichi, Hayama Mizuki, và Himura Yu. Phần thứ hai bao gồm hai chương chính và một chương kết thúc, tập trung xoay quanh Chihiro ở chương thứ ba và Mizuki ở chương thứ tư. Gộp cả hai phần lại thành một với tựa đề Ef: A Fairy Tale of the Two.[6] Bối cảnh của câu chuyện được lấy ở Otowa (音羽, Otowa?).

Ef: The First Tale

Amamiya Yuko (雨宮 優子, lồng tiếng bởi: Nakajima Yumiko (tiếng Nhật), Mosier Carli (tiếng Anh)?), là một cô gái bí ẩn mặc trang phục giống nữ tu, và Himura Yu (火村 夕, lồng tiếng bởi: Tōchika Kōichi (tiếng Nhật), Matranga David (tiếng Anh)?), là một người đàn ông bí ẩn thường xuyên đến nhà thờ nơi mà Yuko lần đầu xuất hiện,[7] và hai người đã hội ngộ với nhau ở nhà thờ trong đêm Giáng Sinh. Tuy mặc trang phục giống nữ tu nhưng Yuko không hề liên quan với nhà thờ. Cô luôn bỗng dưng xuất hiện từ đâu đó, rồi cũng đột nhiên biến mất trong xuyên suốt câu chuyện. Cô xuất hiện để nói chuyện với Hiro và các nhân vật khác để cho họ lời khuyên.[7] Yuko và Yu hồi tưởng lại quá khứ và những sự kiện cùng thời điểm của năm trước ở đoạn bắt đầu chương đầu tiên của câu chuyện. Yuko bật mí những sự kiện đã được tiết lộ xuyên suốt phần Ef: A Fairy Tale of the Two. Sau kết thúc của chương đầu tiên, mạch truyện quay lại phần mở đầu và cuộc nói chuyện giữa Yuko và Yu. Yuko kết thúc câu chuyện về những sự kiện ở chương đầu tiên. Sau kết thúc của chương thứ hai, mạch truyện lại chuyển về cảnh của Yuko và Yu. Yuko kết thúc câu chuyện ở đoạn cuối chương hai và cô bày tỏ rằng mình nhớ những khi nói chuyện với Hiro, Kyōsuke và những người bạn của họ. Cuộc nói chuyện của họ kết thúc với sự ám chỉ cho phần kế tiếp Ef: The Latter Tale.[8]

Nhân vật chính của chương đầu tiên là Hirono Hiro (広野 紘, lồng tiếng bởi: Shimono Hiro (tiếng Nhật), Ayres Greg (tiếng Anh)?), là một họa sĩ truyện tranh đã có tác phẩm được xuất bản dù chỉ còn đang học trung học phổ thông. Vì áp lực của công việc, cậu thường bỏ học và dành phần lớn thời gian vào việc vẽ truyện tranh thiếu nữ dưới bút danh "Shindo Nagi" (新堂 凪, "Shindo Nagi"?).[7] Vẽ truyện tranh khiến cậu không còn hứng thú với trường lớp và chỉ tập trung vào công việc để kiếm tiền, vì bình thường cậu không có được nhiều tiền như thế. Trong đêm Giáng Sinh khi cậu đang đạp xe đi dạo, một tên trộm túi chạy xe đạp vụt ngang qua Hiro và Miyamura Miyako (宮村 みやこ, lồng tiếng bởi: Taguchi Hiroko (tiếng Nhật), Christian Luci (tiếng Anh)?) bỗng nhiên xuất hiện, chạy đuổi theo tên trộm, chẳng hỏi mượn mà lấy luôn xe đạp của Hiro để đuổi theo tên trộm. Cuối cùng cô đã phá hư xe của Hiro, và sau đó cô dành thời gian còn lại của đêm đó đi với cậu.

Hiro sau đó gặp lại Miyako ở trường, và biết được cô là học sinh cùng khoá nhưng khác lớp; cô cũng ít khi đến lớp vì cảm thấy chán.[7] Miyako có tính cách năng động và thích những thứ kì lạ.[7] Cô dần bắt đầu thích Hiro sau một thời gian hai người họ ở bên nhau, nhưng trong thời điểm đó, bạn thơ ấu của Hiro là Shindō Kei (新藤 景, lồng tiếng bởi: Okada Junko (tiếng Nhật), Karbowski Brittney (tiếng Anh)?) bắt đầu cảm giác bị bỏ rơi và một tình tay ba đã diễn ra giữa ba người họ.[8] Kei thích Hiro và ghen khi cô phát hiện ra rằng Hiro dành phần lớn thời gian với Miyako. Hiro và Miyako cuối cùng trở thành một cặp đôi, mặc cho cảm xúc của Kei dành cho cậu.

Bối cảnh của chương thứ hai bắt đầu sau kết thúc của chương thứ nhất vài tháng. Bối cảnh hiện tại là mùa hè, và câu chuyện tập trung vào nhân vật chính mới là Kyōsuke Tsutsumi (堤 京介, lồng tiếng bởi: Tai Yūki (tiếng Nhật), Patton Chris (tiếng Anh)?). Kyōsuke là người quen của Hiro và cả hai may mắn học chung lớp chung trường. Cậu có đam mê với phim ảnh, và thường mang bên mình máy quay kĩ thuật số.[7] Vào đêm Giáng Sinh, cậu tình cờ gặp Shindo Kei đang vụt qua trên đường, cô là nhân vật nữ chính trong chương hai. Cậu đã đuổi theo để chụp một tấm ảnh của cô ấy, nhưng một chiếc xe tải chạy ngang qua nên anh không thể chụp được một tấm ảnh rõ ràng của cô gái bí ẩn đó. Sau khi cứ mãi nghĩ về cô gái bí ẩn đó, anh rời câu lạc bộ Phim ảnh và chia tay bạn gái của mình là Izumi Emi (lồng tiếng bởi: Nobiki Kaori (tiếng Nhật), Sumrall Allison (tiếng Anh)).

Đến một ngày, trong khi đang quay phim ở gần nhà thể chất, Kyōsuke bắt gặp Kei đang luyện tập bóng rổ cho đội bóng rổ nữ của trường[7] và cậu bị lôi cuốn bởi hình ảnh đó. Cậu mong muốn được mời Kei đóng trong bộ phim nghiệp dư mà cậu đang thực hiện cho liên hoan phim sắp tới. Ngập tràn suy nghĩ về Kei, cậu hạ quyết tâm tiến lại gần với Kei bằng cách trở nên thân thiết hơn với Hiro - là bạn thơ ấu của Kei.[8] Kei nhỏ hơn Hiro một tuổi và cô cũng học chung trường với cậu.[7] Sau khi được đề nghị đóng phim của cậu, ban đầu Kei đã từ chối đề nghị của Kyōsuke, nhưng sau khi xem một số thước phim của cậu quay thì cô đã đồng ý. Tuy ban đầu cô không hứng thú với phim ảnh, cô dần thích thú những khía cạnh trong công việc của cậu. Sau đó hai người dành thêm thời gian ở bên nhau, dành tình yêu cho nhau và tiến tới hẹn hò.

Ef: The Latter Tale

Ef: The Latter Tale mở đầu một lần nữa với cuộc hội ngộ của Amamiya Yuko và Himura Yu ở nhà thờ vào dịp Giáng Sinh. Yuko kể cho Yu nghe về cô đã giúp đỡ những người ở trong hai câu chuyện riêng biệt (từ phần Ef: The First Tale). Sau khi kể xong, Yuko bảo Yu kể cho cô nghe về những người mà anh đã giúp đỡ. Yu bắt đầu kể về câu chuyện đầu tiên của cậu ấy, đó là về Shindo Chihiro; chương thứ ba bắt đầu.[9] Cũng giống như Yuko, Yu cũng bỗng nhiên xuất hiện từ đâu đó rồi cũng bí ẩn biến mất.[7] Cậu đưa những lời khuyên và cảnh báo cho Renji và những người khác.[7] Yu ở gần Chihiro và chăm sóc cô ấy. Chương thứ ba kết thúc, câu chuyện trở lại với Yuko và Yu sau khi Yu kể chi tiết nội dung của chương thứ ba, và tiếp tục kể về chuyện cậu và Yuko đã bị chia cách như thế thế nào trong quá khứ. Yu bắt đầu kể về sự kiện trong chương thứ tư. Chương thứ tư kết thúc, câu chuyện trở lại lần cuối cùng với Yuko và Yu. Đến lúc này, cả hai đã kể cho nhau nghe về tất cả những câu chuyện của bản thân. Ý nghĩa của tựa đề trò chơi là Ef: A Fairy Tale of the Two cũng có nghĩa là câu chuyện của Yuko và Yu cũng như sự liên kết giữa hai người họ.

Chương thứ ba lấy bối cảnh mùa đông giống chương thứ nhất, nhưng tập trung vào nhân vật chính khác là Asō Renji (麻生 蓮治, lồng tiếng bởi: Takagi Motoki (tiếng Nhật), Bickham Clint (tiếng Anh)?) là người nửa Nhật Bản, nửa Đức.[7] Một ngày, cậu đi đến ga tàu bỏ hoang trong thị trấn, nơi mà cậu thường hay lui tới để đọc sách vì nơi này rất yên tĩnh, cậu gặp một cô gái đeo băng mắt bên mắt trái và đang ngồi một mình là Shindō Chihiro (新藤 千尋, lồng tiếng bởi: Yanase Natsumi (tiếng Nhật), Rial Monica (tiếng Anh)?). Chihiro là em gái song sinh của Shindō Kei (xuất hiện trong phần Ef: The First Tale) và là nữ chính trong chương thứ ba của câu chuyện. Mặc dù ban đầu cả hai đều ngại ngùng, nhưng sau đó, hàng ngày sau giờ học Renji đều đến nhà ga để gặp Chihiro và họ nhanh chóng trở thành bạn thân. Sau một thời gian, Renji biết được Chihiro bị quên thuận chiều, cô chỉ có thể nhớ kí ức trong vòng 13 tiếng đồng hồ, tuy nhiên kí ức trước khi diễn ra tai nạn vẫn được lưu lại và cô có thể kể lại chuẩn xác phần kí ức đó.[7] Hiện tại, cô mang bên mình một cuốn nhật kí và viết lại các sự kiện hàng ngày để đến ngày hôm sau, sau khi quên hết kí ức, cô có thể ghi nhớ lại sự kiện của ngày hôm trước. Trớ trêu thay, cô lại có thể nhớ chi tiết sự kiện trước năm 13 tuổi.

Renji cũng biết được rằng cô ước mơ viết tiểu thuyết kỳ ảo, nhưng vì vấn đề trí nhớ nên cô không thể thực hiện được ước mơ đó. Renji thích đọc tiểu thuyết, và sau khi trò chuyện với Chihiro, cậu hợp tác với cô ấy và cậu có thể thực hiện ước mơ của cô ấy thành hiện thực.[9] Qua một thời gian cùng nhau viết tiểu thuyết, cả hai dần gần với nhau hơn và họ đã yêu nhau. Câu chuyện càng tiến triển và tiểu thuyết càng được viết, Renji càng nhận ra rằng nội dung tiểu thuyết ngụ ý về cuộc đời của Chihiro và cách nhìn của cô ấy về thế giới xung quanh trong tình trạng trí nhớ bị giới hạn.

Kuze Shūichi (久瀬 修一, lồng tiếng bởi: Hamada Kenji (tiếng Nhật), Guardiola Illich (tiếng Anh)?) là nhân vật nam chính trong chương thứ tư của câu chuyện. Cậu là một nghệ sĩ vĩ cầm chuyên nghiệp lớn tuổi.[7] Cậu du học ở Đức một thời gian, và trở lại nơi đặt bối cảnh câu chuyện Ef's.[7] Shuichi là hàng xóm và cũng là bạn thân của Renji dù cách biệt tuổi tác.[7] Shuichi cũng biết Yu Himura và Chihiro, nhưng cô mau chóng quên đi Shuichi vì mắc bệnh. Cậu gặp nữ chính của chương thứ tư tên là Hayama Mizuki (羽山 ミズキ, lồng tiếng bởi: Mai Goto (tiếng Nhật), Hilary Haag (tiếng Anh)?) sau khi được mẹ của Renji giới thiệu. Cô học ở trường tư nhân và rất thần tượng Kei, đàn chị khoá trên của cô; Mizuki cũng nằm trong đội bóng rổ nữ của trường.[7] Cô rất thích đọc shōjo manga.[7] Cô có tính tình thẳng thắn và thích chọc ghẹo mọi người, đặc biệt là chọc Kei.[7] Ban đầu cô đến Otowa để thăm anh họ Renji, và đó cũng là lúc cô gặp Shuichi. Shuichi giấu việc cậu sắp chết vì chứng loạn thần kinh chức năng, nhưng Mizuki đã biết được điều đó. Nhưng mặc cho Mizuki cố tiếp cận Shuichi, cậu luôn ruồng bỏ và từ chối tình cảm của Mizuki. Mizuki rất buồn vì chuyện đó và tình cờ nhặt được nhật kí của Chihiro. Sau khi đọc nội dung nhật kí, cô tìm thấy tên của Yu mà cô từng gặp trong quá khứ. Mizuki đi đến nhà thờ để tìm gặp Yu, sau câu chuyện đã kết thúc ngay sau đó.